La F50 a été utilisée comme base pour la F50 GT, conçue pour les compétitions GT internationales. Trois exemplaires ont été construits avec l’aide de Dallara et ATR mais la voiture a été intégralement développée en interne par Ferrari. D’un point de vue esthétique, les changements les plus notables par rapport au véhicule routier étaient un orifice d’admission d’air sur le toit, une aile arrière différente avec support central et un diffuseur arrière. Elle était équipée d’un moteur de même capacité que la F50, d’un embrayage à disques en fibre carbone et d’une boîte de vitesses séquentielle. La F50 GT a enregistré des vitesses très impressionnantes à Fiorano, mais le projet n’a jamais été suivi par Ferrari qui, à l’époque concentrait la plus grande partie de ses efforts sur son retour sur la scène Formule 1.